民國70年至87年期間，我國民用航空器之失事率居高不下，當時政府並未設置專責的事故調查機關，87年2月16日華航大園空難及同年3月18日國華新竹外海空難相繼發生，行政院有鑑於以上重大飛航事故，積極推動設立一常設機關獨立行使飛航事故調查職權，調查我國民用航空器飛航事故，避免類似事故再發生，於民國87年5月25日成立「航空器飛航安全委員會」，同年3月23日發布「航空器飛航安全委員會組織規程」，後於民國90年5月23日發布「行政院飛航安全委員會組織規程」，更名為「行政院飛航安全委員會」為有效發揮調查機關所需具備之獨立性及公信力，並配合政府組織再造計畫，「飛航安全調查委員會組織法」於101年5月20日公布，「飛航安全調查委員會」正式成為獨立機關。 　　

飛安會為職司我國民用航空器、公務航空器、以及超輕型載具飛航事故調查之獨立機關，調查職權包括：飛航事故調查、提出調查報告及飛安改善建議等。

飛安會執行飛航事故調查，旨在避免類似事故再發生，不以處分或追究責任為目的，與民航監理機關針對違規強制重罰之方式不同。綜觀國際各國事故調查組織，如美洲地區：美國、加拿大、巴西；歐洲地區：法國、德國、英國、挪威、荷蘭、瑞士、丹麥、芬蘭、瑞典；亞太地區：我國、澳洲、紐西蘭、日本、韓國、印尼、俄羅斯，以上國家皆獨立行使調查職權，不受任何干預。國際運輸安全協會（各國政府運輸事故調查機關組成之專業組織）特別重視調查機關之獨立性，亦為加入該協會之優先必要條件（我國為其會員國）。該協會主張，唯有透過獨立且不受干預之調查，方能真正發掘事故肇因，並提出有效之安全改善建議。 有鑑於此，政府在組織改造計畫中，將飛安會組織法制化，於101年5月20日正式成為獨立機關。飛安會並依據飛航事故調查法第三條規定：為公正調查飛航事故，改善飛航安全，飛安會依法獨立行使飛航事故調查職權。

調查報告發布後，飛安會依據事故發生可能肇因，對民航監理機關或相關機關（構）提出飛安改善建議。飛安改善建議由行政院列管，飛安會追蹤，至改善措施確實依計畫執行完畢後，方解除列管。如事故調查機關納入交通部或民航監理體系，則因隸屬關係使然，恐無法超然獨立執行調查職權，進而影響事故真相之發掘，此絕非改善飛安之最佳途徑。

交通部、民航局與飛安會這三個機關皆與民航息息相關，但各有其不同職掌。
交通部負責掌管交通（公路、海運、航空）政策之規劃。

民航局隸屬交通部，負責航權航線拓展、機場規劃建設、飛安監理、民航產業輔導、飛航服務及機場服務等，為民航管理機關。民航局亦有調查任務，但為非屬飛航事故之航空器意外事件，及航空器非在運作中所發生之地面安全事件。

飛安會隸屬行政院，負責民用航空器、公務航空器及超輕型載具飛航事故的調查。目的在找出事故肇因，避免類似事故再發生，且不以處分或追究責任為目的。

飛安會的委員出席每月舉行一次之委員會議，委員會議執掌包括主要討論下列事項：

• 飛航事故調查報告之審議。
• 飛航事故重新調查之審議。
• 飛航事故調查相關法規之審議。
• 本會與其他相關機關協調聯繫作業機制之審議。
• 本會年度預算及決算之審議。
• 委員提案之審議。 其他依法應由委員會議決議事項。

飛安會為順利執行飛航事故調查，與國外調查機關一直保持非常密切之聯繫，不但相互觀摩學習，更與多國簽訂合作協議如下：

• 澳洲運輸安全局
• 加拿大運輸安全委員會
• 法國失事調查局
• 英國航空器失事調查局
• 日本運輸安全委員會
• 韓國航空及鐵道失事調查委員會
• 美國國家運輸安全委員會

飛安會也積極加入國際飛航安全及失事調查相關組織，每年均派員參與各組織舉辦之年會，與世界各國專業調查人員進行技術與經驗交流，包括：國際飛安調查員協會（ISASI）、國際飛航安全基金會（FSF）、國際運輸安全協會（ITSA）、飛航事故調查員紀錄器會議（AIR Meeting）以及國際飛安自願報告系統年會（ICASS）。

飛安會執行飛航事故調查之法源依據包括：
1.飛航事故調查法：
「飛航事故調查法」於93年6月2日公布施行，分5章，共計38條，103年6月18日增修訂。

2.民用及公務航空器飛航事故調查作業處理規則及超輕型載具飛航事故調查作業處理規則

飛航事故調查法於93年6月2日公布施行後，飛安會於93年12月1日公布施行「民用航空器及公務航空器飛航事故調查作業處理規則」及「超輕型載具飛航事故調查作業處理規則」，配合調查法之修訂，二規則因此配合修訂，於103年11月20日公布施行。

3.國際民航組織13號附約(ICAO Annex 13)
我國雖非國際民航組織(ICAO)之會員，惟我國飛航事故調查法、相關之民用及公務航空器飛航事故調查作業處理規則及本會飛航事故調查標準作業程序，皆參照ICAO Annex 13之標準及建議措施制定。